dschlessingerДевид Шлессингер

Доктор на науците
Старши исследовател
Ръководител на генетична лаборатория

Оригиналът: The SardiNIA Project

Добре дошли в Проект Сардиния
Намирането дълголетие гени е само един от много голове за геронтолози. Също толкова важна мисия е разнищване на генетичните процеси при свързани с възрастта черти и болести. NIA и италиански следователи насочват вниманието си на средиземноморския остров Сардиния. Защо? Ние цитирам директно от обосновка и фона за започване на проучването през 2001 г., които прилагат и за последващи проучвания в хода на проекта:

Да се идентифицират генетичните основи на изявени свързани с възрастта промени, включително сърдечно-съдови рискови фактори и детерминанти на личностни черти, в популация основател. Резултатите от проучването ще разширят проучванията на стареене на състояния, свързани с отгледани население.

За Проекта (наречена Progenia за обществено ползване в Сардиния), този плакат показва един от участниците, които са живели до над 100 през енергично старостта

За Проекта (наречена Progenia за обществено ползване в Сардиния), този плакат показва един от участниците, които са живели до над 100 през енергично старостта

Последните доклади формират Балтимор дългосрочно проучване по застаряване на населението (BLSA) и други изследвания на населението са идентифицирани някои епидемиологични и генетични рискови фактори за стареене, свързани със заболявания; но по-голямата част от проучванията са наблюдателни, определяне границите на стойностите за фенотип като функция на стареене. Допълнително изследване на генетиката на стареене, свързани със заболявания като сърдечно-съдови и личностни, свързани с функции е особено трудно, защото 1) те са условия „късно начало“, които засягат възрастни индивиди; и 2) те са „сложни черти“, с редица гени индивидуално избивайки баланс към фенотип в една или друга подгрупа на кръстосани население

Като един от начините да се помогне за преодоляване на тези пречки, вниманието се съсредоточава все повече върху обещанието на „учредители население“ за опростяване на комплексен анализ черта. Такива редки популации възникват от ограничена група, живеещи в определен регион в продължение на много векове с минимална добавка от чужбина население. Населението на Сардиния е един от малкото, който е едновременно многобройни и достатъчно достъпни, и един от най-екстремните в неговата относителна хомогенност. По този начин може да се изследва за голямо разнообразие от двете чести и относително редки черти. Вниманието е насочено към региона за настоящото изследване, Оглиастра, има особено изолирани население от 60 000, в област, оградена от две планински вериги и морето.

Предложеното проучване ще тества критично идеята, че такова население може наистина да помогне да се анализират сложни съдови и личностни черти, предложени за изследване.

По отношение на избора и напредъка на проекта:

Константна среда (в селските градове)
Високо ниво на алтруизъм и интерес към споделяне на генетична наследство
Поддръжка на местния епископ, кметове, и здравни власти
Локално местоположение клиника, която улеснява бързото и повторни посещения: например, 3500 бяха припомнени в 1 година за фракциониране на белите кръвни клетки в 95 подвида в рамките на 90 минути от изтеглянето на кръв.
Структури на повече от 750 семейства, вградени в голяма кохорта от частни лица, позволяващи
Точни разчети на генетична наследствеността.
Долна секвениране на разходите и определяне на генотипа покритие: 2000 секвенираните лица носят условното ДНК последователността за 7000 в кохортата.
Надеждно откриване на истинските ДНК последователности редки варианти при индивиди срещу грешки фон секвениране чрез проверка на ДНК последователност на роднини.
Оценка на диагностика / прогностична сила на генетични фактори в надлъжна проучване с медицинските резултати.
Анализ на митохондриална вариация и нейното предаване.
Ясна формулировка и тестване на приспадане алгоритми.
По-лесно откриване на взаимодействия на черти, включително плеотропия.

В първото проучване, екипът на проекта набра над 6100 предмети от водосборна площ, включително четири града в Източна и Централна Сардиния и оценен в първия списък с> 200 черти. Проучването на изходното ниво е било последвано от последващи посещения, че събраните данни във времето за същите черти, събрани в началото на проучването, но добави, оценка на слабост, свързани с черти, а именно мерки на костната плътност и геометрия, мускулната сила и скоростта на ходене и допълнителни сърдечносъдови мерки (виж отдолу). В хода на SardiNIA3, заедно с разширяването на кохортата и добавянето на повече черти (виж по-долу), повишение на тестване ефективност и допълнителни средства за споделяне на разходите от Сардиния източници позволяват завършване на двете Четвърто Посещения за цялата кохорта и пета Посещения за половината от кохортата.Също така в настоящите действия, ДНК се е възстановила по същество всички от генетична вариация в кохортата, и допълнителни споразумения за проучване с краен резултат също са били направени (вж хода на проекта).

Инфраструктурата за клиника и фенотипна тестване е стабилен, с строг контрол на качеството, което се отразява във високото качество на базата данни.Първоначална кохортата на извадката са включени над 62% от допустимите население, живеещо в региона (на възраст 14-102 години), а най-малко 96% от началната кохорта имат всички баби и дядовци, родени в същата провинция.Първоначалната група са включени 4933 фенотипизирани SIB двойки, 4266 фенотипизирани родител-дете двойки, > 4069 фенотипизирани братовчед двойки, и > 6459 фенотипизирано вуйчов двойки (95).Допълнителна набиране се е увеличил значително кохорта (виж по-долу), и резултатите показват, че за всеки същество черта, повечето от свързани гени и варианти ще бъдат включени в определянето вариацията в млади и възрастни и при мъжете и жените.По този начин, генетични анализи могат да черпят данни от всички възрасти и от двата пола.

Надлъжната проучването, сега в своята 12-та година, се фокусира върху жителите на клъстер от градове за събиране на надлъжната информация за повече от 400 свързани с възрастта количествени черти („endophenotypes“ или „количествени свързани с риска генетични или екологични фактори“), които могат да бъдат отбеляза непрекъснат мащаб, както и > 200 дихотомните черти (включително социално значимите заболявания и рискови фактори като тютюнопушене). Използването на количествени черти позволява изучаването на цялата гама от алелни вариации в една популация, с особен интерес в редица сърдечно-съдови рискови фактори, антропометрични измервания, кръвните тестове ценности, аспекти на личността, и костна плътност и слабост, свързани с променливи.
Надлъжната изучаването на широк кръг от фенотипове в популация основател е отличителна в това изследване, и стабилна средата / епидемиологични фактори, съчетани с опростяването на генетични анализи също така помощ в предложените съвместни разследвания на относителния риск. Освен това, защото ние събираме рисков фактор данни, ние можем да анализираме, в проучване с краен резултат, прогностичната сила и / или патофизиологичен значение на по-ранни предиктори за появата на сериозни рискови фактори [например, увеличаване на пулса вълнова скорост като функция на рано (предиктор) липидни и възпалителни маркери].